Mežotnes baznīca ir uzcelta līdzās senajam Mežotnes pilskalnam ar senpilsētu. Pirmā baznīca Mežotnē dibināta 1567.gadā.

Laiku griežos tā piedzīvojusi gan vairākas pārbūves, gan atjaunošanu. Pirmā pasaules kara laikā Mežotnes baznīca tika sašauta un nodedzināta. Tā tika atjaunota un 1930.gada 20.jūlijā baznīca tika iesvētīta.

Otrajā pasaules karā atjaunotajai baznīcai tika sašauts tornis un nodega jumts. Padomju varas gados baznīca nonāca aizvien kritiskākā stāvoklī, līdz 1960.gadā tika atzīts, ka celtne nav arhitektūras piemineklis, un tā pielāgojama saimnieciskām vajadzībām - baznīcā ierīkoja minerālmēslu noliktavu.